Fakultas Ekonomi didirikan pada tanggal 31 Oktober 1953 di bawah naungan Yayasan Perguruan Tinggi Syakhyakirti yang berstatus swasta. Kemudian, menjelang peresmian Universitas Sriwijaya pada tanggal 17 September 1960, Fakultas ini diserahkan oleh pihak Yayasan kepada Universitas Sriwijaya beserta seluruh mahasiswa, dosen, dan pegawai administrasinya, yang kemudian merupakan cikal bakal Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya. Pada saat peresmian Universitas Sriwijaya, 3 November 1960 (PP Nomor: 42 Tahun 1960 tanggal 29 Oktober 1960), Fakultas ini hanya mempunyai satu jurusan, yaitu Jurusan Ekonomi Perusahaan yang kemudian diubah menjadi Jurusan Manajemen.
Tanggal 14 Februari 1961 dibuka Fakultas Ekonomi cabang Lampung, dan pada tahun 1963 memisahkan diri dari Fakultas Ekonomi Unsri. Berdasarkan SK Rektor Nomor: 4263/A/I/1965 dibuka Fakultas Ekonomi cabang Bangka, dan pada tanggal 22 November1983 ditutup.
Tahun akademik 1962/1963 Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya membuka 2 jurusan baru, yaitu Jurusan Akuntansi dan Jurusan Umum yang kemudian diubah menjadi Jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan. Berdasarkan SK Ditjen Dikti Nomor: 212/Dikti/Kep/1996, sejak 1996, Jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan diubah namanya menjadi Jurusan Ekonomi Pembangunan.
Tanggal 23 November 1965, Fakultas Ekonomi membuka Program Extension dengan Jurusan Ekonomi Perusahaan (sekarang menjadi Jurusan Manajemen). Dalam kurun waktu 1983-1986, program ini tidak menerima mahasiswa baru. Barulah pada tahun akademik 1987 program ini kembali menerima mahasiswa baru. Kemudian, pada tahun akademik 1993/1994 dibuka Jurusan Akuntansi, dan pada tahun akademik 2001/2002 dibuka jurusan Ekonomi Pembangunan. Sejak tahun 2009 Program Extension Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya tidak ada lagi, ini sesuai dengan surat edaran Dikti Nomor: 595/D5.I/2007 tanggal 27 Februari 2007
Kegiatan perkuliahan pada awalnya diselenggarakan di kampus Bukit Besar Palembang. Akan tetapi dengan dibangunnya kampus baru di Indralaya, mahasiswa tahun akademik 1993/1994 mulai kuliah di Kampus Indralaya dan sejak tanggal 1 Februari 1995 kegiatan akademik untuk mahasiswa jalur penerimaan pusat (SNMPTN/SBMPTN) seluruhnya diselenggarakan di Kampus Indralaya. Kampus Palembang hanya menyelenggarakan kegiatan akademik untuk mahasiswa jalur penerimaan lokal (USM).
Fakultas Ekonomi juga menyelenggarakan Program Diploma Tiga (D-III) sejak tahun 1983. Program ini merupakan hasil perubahan lembaga Pendidikan Ahli Administrasi Perusahaan. Adapun program pendidikan ahli ini merupakan passing out Akademi Administrasi Negara pada 1975. Sampai saat ini Program Diploma Tiga (D III) mempunyai dua program studi, yaitu Program Studi Kesekretariatan dan Program Studi Akuntansi, dengan 8 konsentrasi (Akuntansi Keuangan Umum, Akuntansi Perpajakan, Akuntansi Syariah, Akuntansi Keuangan Daerah, Manajemen Keuangan, Manajemen Pemasaran, Manajemen Perbankan Syariah, dan Kesekretariatan).
Tahun 2005, Fakultas Ekonomi telah membuka kelas berbahasa Inggris pada semua jurusan untuk Strata 1.
Tahun 2006, Fakultas Ekonomi membuka Program Studi Pendidikan Profesi Akuntansi (PPAk) berdasarkan SK Mendiknas Nomor: 937/D/T/2006 tanggal 17 Maret 2006 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Profesi Akuntansi pada Universitas Sriwijaya yang ditindaklanjuti dengan Keputusan Rektor Unsri Nomor: VII-1501/PT11.1.2/Q/2006 tanggal 20 Juli 2006 tentang Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Profesi Akuntansi pada FE Unsri. Program ini dilaksanakan dalam dua semester dan lulusannya berhak mendapatkan sebutan (gelar) Akuntan. Setelah memperoleh gelar Akuntan lulusan PPAk harus mendaftar ke Depkeu untuk mendapatkan Nomor Register.
Tahun 1996, Fakultas Ekonomi membuka Program Pascasarjana (S2) Ilmu Ekonomi berdasarkan SK Ditjen Dikti Nomor: 102/Dikti/Kep/1996 tanggal 17 April 1996 tentang izin penyelenggaraan Ilmu Ekonomi (S2). Pada mulanya Program ini dikelola oleh Program Pascasarjana Universitas Sriwijaya dengan 1 (satu) BKU yaitu Ilmu Ekonomi dengan konsentrasi Ekonomi Pedesaan dan Sumberdaya Manusia. Pada tahun 2006 dibuka BKU Akuntansi berdasarkan SK Rektor Nomor: 279/PT11.1.2/Q/2006 dan pada tahun 2007 dibuka BKU Manajemen berdasarkan SK Rektor Nomor: 0082/H9.3.1.1/PE/2007. Sejak tahun 2011 BKU Manajemen berubah menjadi Program Studi Ilmu Manajemen berdasarkan SK Ditjen Dikti Nomor: 227/D/O/2010 tanggal 22 Desember 2010 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Program Magsiter (S2) Program Studi Ilmu Manajemen pada Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya.
Tahun 2011, Fakultas Ekonomi membuka Program Studi S3 Ilmu Ekonomi berdasarkan SK Mendiknas Nomor: 154/D/O/2010 tanggal 18 Oktober 2010 tentang pemberian ijin penyelenggaraan Program Studi Ilmu Ekonomi (S3) pada Universitas Sriwijaya, dan SK Rektor Nomor: 200/H9/DT.Kep/2010 tanggal 21 Desember 2010 tentang penyelenggaraan Pendidikan Program Doktor (S3) Program Studi Ilmu Ekonomi pada Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya.
Tahun 2013, Pengelolaan Program Pascasarjana (S2 dan S3) sepenuhnya di bawah pengelolaan Fakultas Ekonomi Universitas Sriwijaya, baik bidang akademik maupun administrasi keuangan.