Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam merupakan salah satu fakultas dari sepuluh fakultas dan satu program Pascasarjana yang dimiliki Universitas Sriwijaya. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Unsri mulai berdiri pada tahun akademik 1989/1990 dengan nama Program Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (P-MIPA), yang secara administratif bernaung di bawah Fakultas Teknik. PMIPA didirikan berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi atas nama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.15/Dikti/Kep/1989, No. 16/Dikti/Kep/1989 tanggal 6 Maret 1989. Hingga saat ini lima orang Dekan telah memimpin FMIPA Unsri, yaitu: Prof.Dr. Ir. Syarifuddin Ismail (1993-1997 dan 1997-2001), Prof. Dr. H.Zulkifli Dahlan, M.Si., DEA (2001-2005 dan 2005-2009), Drs. Muhammad Irfan, M.T.(2009-2013 dan 2013-2017), Prof. Dr. Iskhaq Iskandar, M.Sc (2017-2021), dan Prof. Hermansyah, S.Si., M.Si., Ph.D (2021 s.d. sekarang)
Pada saat didirikan Program-MIPA mempunyai 4 program studi (PS) yaitu PS- Matematika, PS-Fisika, PS-Kimia, dan PS-Biologi. Pada tahun akademik 1993/1994 P-MIPA berubah menjadi Fakultas MIPA berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0381/0/1993 tanggal 22 Oktober 1993 dan tetap terdiri atas empat jurusan yaitu Jurusan Matematika, Fisika, Kimia, dan Jurusan Biologi. Pada tahun akademik 2001/2002 Fakultas MIPA menambah satu program studi yaitu Program Studi Ilmu Kelautan berdasarkan Surat Izin Penyelenggaraan dari Ditjen Dikti No. 2796/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001. Tahun 2011 dibuka satu program studi baru lagi yaitu PS-Farmasi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No126/E/O/2011 tanggal 13 Juni 2011 tentang Penyelenggaraan Program Studi Farmasi. Saat ini Fakultas MIPA telah memiliki Program Studi S2 Fisika, dan S3 MIPA berdasarkan surat penugasan Mendikbud no.72/E.E2/DT/2014 dan Program Studi S2 Kimia dan Biologi berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No.311/KPT/I/2016. Dengan demikian saat ini Fakultas MIPA memiliki 10 program studi yaitu program studi S1 Matematika, S1 Fisika, S1 Kimia, S1 Biologi, S1 Ilmu Kelautan, S1 Ilmu Farmasi, S2 Biologi, S2 Kimia, S2 Fisika dan S3 MIPA. Saat ini, status akreditasi adalah S1 Matematika B, S1 Fisika B, S1 Kimia A, S1 Biologi B, S1 Ilmu Kelautan A, Program Studi S1 Farmasi A, S2 Fisika terakreditasi B, S2 Biologi, S2 Kimia, dan S3 MIPA masih terakreditasi C (dalam proses reakreditasi menuju akreditasi B). Semua kegiatan akademik dan perkuliahan serta praktikum mahasiswa Program Studi strata 1 FMIPA dilaksanakan di Kampus Unsri Indralaya Zona D, sedangkan untuk program magister (S2) dan program doctor (S3) di laksanakan di Kampus Pascasarjana Bukit Besar Palembang.